学校2011年10月获批“服务国家特殊需求人才培养项目”试点建设单位，2012年开始招收专业学位研究生。2021年10月获批硕士学位授予单位，同时获批农业、机械和兽医3个专业硕士学位授予点。其中，农业硕士包括6个领域，分别为农艺与种业（农学院）、资源利用与植物保护（资源与环境学院）、畜牧（动物科学学院）、农业工程与信息技术（智能制造学院）、食品加工与安全（食品科学与工程学院）、农业管理（管理学院）。2024年，学校新获批中共党史党建学、农林经济管理、风景园林、电子信息、材料与化工、生物与医药、资源与环境、食品与营养8个硕士学位授予点，其中中共党史党建学、农林经济管理为学术型学位授予点。目前学校已有11个硕士学位授予点，分布在12个学院。

学校开展研究生教育以来，遵循“立德树人、服务需求、提高质量、追求卓越”的主线，形成了“两机制、两体系”的专业学位研究生培养新模式，构建了“价值引领+培养方案+课程建设+专业实践+科技服务+质量评价”六位一体的专业学位研究生培养体系，研究生培养质量稳步提高。先后获得国家教学成果二等奖1项，全国农业专业学位研究生教育指导委员会实践教学成果二等奖1项，安徽省教学成果一等奖2项，二等奖6项。农科类研究生依托科技小院，以“零距离、零门槛、零时差、零费用”的“四零”模式开展科技服务，把课堂和实验室搬到田间地头，把论文写在祖国的大地上，获得全国研究生乡村振兴志愿服务活动优秀案例特等奖1项，一等奖2项，三等奖3项。2019-2024年，640名硕士毕业生发表三类以上学术论文440篇，授权发明专利18项、实用新型专利325 项，获国家和省级学科竞赛奖182项。